Ты не писал, что делал формат с клавиатуры. А боксом могло и не сделаться, если тел перезагружается.
Если формат и прошивка не помогают, навернож чегото по железу не в порядке. тем более, что до замены джойстика тел работал.
Может он и не должен работать с отключеной платкой? Я это ни разу не проверял. Но на платке кроме джойстика ещё много чего есть. И датчики поворота на неё же. Может не нравится телу, что они отключены.
Я бы отпаял опять джойстик, и внимательно всё под ним посмотрел. Может вместе с джойстиком порвали и дорожки. Шлейфик то многослойный. под джойстиком какието дорожки проходят. Или когда паял, чтото коротнул или порвал.