Я бы начал с исправности стекляшек с другой стороны платы от интерфейсного разъема (FL1400, FL1401). Судя по наличию "самопродува", цепи от самого микрофона до PCAP исправны. То есть, причина либо в логике режима HandsFree (или глюках с ним), либо в обрывах между PCAP, процом и Algae.
Кстати, не исключаю и софт.