Только что чисто для наглядности открыл 2 произвольных scatter-а и посмотрел какие адреса флештул выставляет по умолчанию в режиме ручного форматирования(есть основания полагать что по этим адресам он форматирует и в автоматическом режиме). Так вот форматирует он с нулевого адреса вплоть до адреса userdata + небольшой кусок самого userdata, а остальная часть памяти остается не тронутой, включая и хороший отрезок пользовательского раздела, поэтому я все же попробовал бы формат в ручном режиме с редактированием конечного адреса в большую сторону в вашем случае.
А свой апарат я отдал в соседнюю контору где есть допоборудование, посмотрим что у них выйдет, если что получится солью себе бекап с помощью CM2.