А если скопировать JTAGManager 2 раза, обозвать JTAGManager_JTAG и JTAGManager_EMMC
и запускать каждый для работы только с JTAG или EMMC,
для каждого имени JTAGManager создаётся свой файл хешей и файл лицензий насколько я понял...