По isp тоже подключаемся в однобитном режиме. Похоже что размер не связан режимом чтения. Это конструктивная особенность микросхемы. В реальности используется 1 гигабайт и этот размер записан в ext csd откуда его вычитывает программатор. Чтобы записать назад считанный дамп микросхема должна быть аналогичной.