Сейчас нашел некоторую закономерность. При запуске винды (Win7 64), наличие карты в диспетчере устройств - отсутствует. При первом запуске z3x JTAG проихсодит инит JTAG коробки, после чего софт вываливает соощение об отсутствии карты.

При повторном запуске z3x JTAG, происходит повторная инициализация бокса, карта появляется в диспетчере устройств, софт запускается.