Есть предложение в eMMC модуль добавить чтение eMMC по разделам (обнаруженным в eMMC).

Выглядит это так: Жмем кнопку, разделы детектятся, галочками помечаем нужные, выбираем место сохранения, выбираем начало названия файлов. Естественно в названиях файлов остаются адреса начала и длина.

Ну и как вариант: запись по разделам. Жмем кнопку, разделы детектятся, выбираем раздел, выбираем файл, что туда писать.