Как Вы делаете реконнект? Поясню вопрос. Когда программа первый раз попросила передёрнуть питание, я убрал 5 вольт подходящие к переходнику и подал их снова, микросхема при этом оставалась подсоединённой к программатору, второй этап у меня завершился ошибкой, и программа опять запросила реконнект. Во второй раз я не только убрал питание, но и отсоединил микросхему, восстановление прошло удачно. Возможно это совпадение.