Переделал сегодня схему. Как оказалось, изначально у меня разводка TXS была верной. Переделал схему на TXS так, чтобы напряжение на второй стороне (микросхемы) (1.8-2.8) было регулируемым (от внешнего источника), резисторы подтяжки были от него. Также запитал напряжение пиания emmc от второго внешнего источника.

Напряжение I/O стороны с боксом было 1,8v всегда.

Итоги: SANDISK, Samsung - детектятся всегда без проблем, в любом диапазоне VIO/VCC флеши (1,8-2,8)/(2,5-3,5)v на разных версиях софта.

HYNIX - при любых напряжениях,
на v1.1.0.1 - Chip Ready Timeout Error,
на 1.1.0.0, 1.1.1.0, 1.3.2.0 - CMD Timeout Error