Ну "железный" контроллер по идее с холодного старта умеет только читать NAND, всю последующую инициализацию выполняет уже загруженный софт с этой нанд. А там не только флаги снимаются, там еще тест выполняется для того чтобы отличить реальный бед от софтового.