при живой мс FT ее должен видеть и работать FTProg. Mprog не стоит юзать - оно перестало разрабатываться уже достаточно давно (и не поддерживает много современных чипов), о чем есть соответствующие упоминания на сайте производителя.
если FTProg свежий не видит мс - вариантов не много - проблема с дровами либо дохлая микруха