укоротить до минимума провода, не использовать внешнее питание и питание от RIFF-бокса (только с АКБ проделывать все операции), плохая земля между боксом и платой (пустить отдельным толстым проводом, можно с "крокодилом" в любое удобное место, не обязательно на разъем JTAG)