Проблема в другом оказалась, BEST при прошивке очень тихо сказал, что не нашел файл контента указанный в .ini, но продолжил шить дальше как ни в чем не бывало. Только в логах потом нашел, что он его пропустил. ATF при выборе .ini сразу показал что .cnt не доступен и шиться не будет, добавил вручную не достающий файл и прошил. Теперь нормально все.
Надо бы в BEST добавить какую то индикацию о недостающих файлах, тогда не будет возможных проблем.