Вчера обновлял (именно обновлял, кнопкой обновить в itunes) iPhone 4, так вот он да, сделал резервную копию, но по окончании процесса я отсоединил его от компьютера и настроил как новый iPhone и активировал прямо с экрана телефона (версия 5.01 это позволяет) и без восстановления резервной копии у меня все данные были на месте. Так что, я думаю, iTunes шьет при обновлении не затрагивая личные данные пользователя. Более того, сохранились даже видео файлы общим объемом более 10 Gb, которые уж точно не входили в резервную копию.