To_wave, а какой принцип работы вашей утилиты? Установил я её , запускаю , появляется окно с одной кнопкой - "ЗАКРЫТЬ". После запуска её в системе ничего не изменилось , все порты остались на своих местах.

Маленький отчет по работе утилиты...
Порты на которых висели все мои коробки , остались не тронутыми. К примеру Riff был установлен на COM41, там он и остался. А вот "счетчик" действительно видимо обнулился.:-)
Прошивал телефон , после его подключения драйвера установились на СОМ6 / СОМ7. А на СОМ6 у меня коробка Инфинити установлена. Подключаю Инфинити - СОМ6 , подключаю телефон - так же на СОМ6 цепляется. Вообщем я бы лишний раз подумал стоит ей пользоваться или нет...
Моё мнение - лучше удалять порты вручную.