Внимательнее - "Далее - чистый бинарник (ну логичный такой .. ) начинается со смещения $0000003С в RGN файле.", перевожу - в хекс редакторе удаляем кусок файла с адреса 0x00000000 до адреса 0x0000003c (т.е. 14 DWORD_ов). То что останется и будет искомый файл.
Не забудьте сохранить бэкап с флэшки (хоть и J-Link её и потёр, авось по чистой случайности "хвост" сохранился, скажем загружаемый модуль не справился с флешкой без доп.настройки). Будет потом проще восстанавливать серийник и т.д.