Я частенько использую такой вот диск с набором программ для винта "Hiren's BootCD 10.0". раздел MBR, программа "MBR Work 1.07b" в ней пункт 4 "Reset MBR to zero" сбрасывает mbr полностью, после этого прогой Partition Magic разбиваю форматирую и тд.
Попробуйте, если нужен диск, то к примеру вот тут можно качнуть http://rapidshare.com/files/373020871/YUEHHBCD104.rar
Да и добавлю, стараюсь чтобы был только один винт в данный момент, мало ли что...