В железо Вы зря полезли
И Atmega и FTDI у вас рабтают, нет смысла смотреть генерацию.
Посмотрите R1 и Q1.
Схему JAF прилагаю.

Здесь был вложен файл: JAFchx.rar (16.7 Кб), но к сожалению был утерян. Если он у Вас есть, свяжитесь с администрацией для его восстановления. Спасибо.