Ножка reset есть практически у любого микроконтроллера. По сигналу на ней микроконтроллер выполняет свой внутренний сброс, делает первоначальную процедуру инициализации и переходит на выполнение внутренней/внешней микропрограммы. При манипуляции сигналами на ней очистки памяти микропрограмм в контроллере не происходит. Сбой ПО обычно связан либо с внутренним повреждением этой области памяти, либо с записью в нее неправильных данных. Ну, бывало раз на практике из-за неисправного кварцевого генератора. Я бы начал поиск с проверки правильности напряжений питания, формирования импульса сброса на atmel, еще внутри есть карточка в кард-ридере, которая часто не контачит. Ну и просмотреть бокс насчет холодных паек тоже не помешает. Удачи в борьбе с мультиком.