Это не глюк Редактора никоим боком. При удалении языков меняется их нумерация, вот и получаете другой набор иконок, с этим пока ничего сделать нельзя т.к. мне на данный момент неизвестно где хранятся данные о том, какие картинки к какому языку привязаны. Как только данная инфа появится - будет реализовано полноценное перемещение лангпаков по месторасположению в списке языков.