Вы, бы, поточнее , все-таки объяснили, что и как, "выше" - это огромная ветка, и какой рецепт" вы использовали, нам не понять..( были и спорные решения, и не до конца провереные)
Ясно одно - FTDI у вас работает некорректно, с чем это связано в вашем случае, пока сказать невозможно, слишком мало информации... Это могут быть и драйвера, и ваше вмешательство в сх бокса( возможно все-таки допустили ошибку при переделке), а также и неисправность самого преобразователя FTDI, или его обвязки..Во всяком случае, сам програмный модуль Infinity и PinFinder, тут явно ни при чем... Если есть возможность, проверьте на другом, заведомо исправном UNI-box, на основе FTDI... Сразу станет понятно, "железо" виновато или драйвера..