Разница в том, что когда ОТП открыт, рекавери лоадер способен записать корневой сертификат (да, браун 49). В этот момент не важно что находится во флеш.
Если ОТП закрыт - рекавери лоадер не сработает, прописать сертификат не получится.
Механизм же работы восстановления через ТП подразумевает запись некоторого загрузчика в область прошивки _штатным_ методом, т.е. с помощью подписанного загрузчика. А ему надо, чтоб у телефона был корневой сертификат.