Несколько размышлений в тему:
1). Как производится отключение USB-устройства (т.е. телефона)
Производится ли так называемое "безопасное извлечение устройства" средствами винды? В вышеприведенном тексте нигде я подобного упоминания не нашел.
2). Уж очень мне эта ситуация напоминает случай с "родным" напатченным драйвером для преобразователя USB to COM на чипе PL2303.
Именно так и было... Начинаем шить телефон на скорости 900000 и на тебе... через минуту-две или сразу перезагрузка компа.
А решалось просто... Установкой патченного драйвера...