Может в самой программе надо какието настройки изменить? К ней какойнибуть мануал должен же быть, почитать надо...
Мультибоксом например, если шьёшь через точки на плате, то надо выбирать режим Boot Mode, а если через разъём - то режим TAT Mode. Мультибоксом вчера делал 9@9i, через точки отлично прошивался и читался. Просто RX, Tx и GND к плате, без резиков подтяжек к 5 вольт.