1. В шеле, как и во многих других программах мультибокса, не всегда нормально идет перерисовка основного окна (типа "зависла" ).
Если мне не изменяет память, то уже был ответ: т.к. часть операций происходит в самом боксе.... и никто ничего менять не собирается...

2. Нельзя прервать процесс закачки.
Неужели так тяжело прицепить кнопку STOP?

3. Шел не проверят что часть пинаутов уже закачена и тупо перекачивает по новому А не помешало бы обновление пинаутов!!!
Т.е. если переписать по новому ini-файл, то закачивай по новому.