Seagate 5400.6 SATA бучный, во время слияния разделов партишном пропало питание, и теперь комп видит что подключен USB накопитель, или винт в , (но самого устройства нет в панели) зависимости от типа интерфейса, SeaTool после долгого раздумья находит его , тест проходит, дальше без изменений, вопрос как восстановить mbr, думаю именно он убит.

а что видно здесь: панель управления-->администрирование-->управление компьютером-->управление дисками
Есть ли там неопознанный раздел? есть ли есть, то там же и поформатить.
Было разок при формате харда, пропало питание, далее форматирование его подвисало на 1%
После теста и реставрации через HDD regenerator, формат прошел нормально

в том то и дело , нету его там.

а при попытке установки винды видит его система?

Как вариант:загрузиться с диска Hiren's BootCD в состав которого входит большое количество утилит по работе с HDD, в т.ч. диагностика и восстановление MBR.

PS: Мне неоднократно помогал этот диск, может и в Вашем случае какой-нибудь из инструментов подойдёт.

SeagateTool видит винт и определяет его размер, но кроме проверки кластеров делать ничего не умеет ( восстановление данных), при попытке загрузится с СД с подключенным винтом загрузка виснет на чёрном экране с курсором, система не может определить размер винта, из-за битого мбр, следовательно дальше грузится не будет.

Винт можно подоткнуть и потом, на горячую. Рекомендуется подтыкать к стационарному компьютеру, где в диспетчере устройств устроить "обновить конфигурацию оборудования". После чего запустить утилиту ptedit32 из комплекта Partition Magic8, где забить mbr винта нулями. Главное не перепутать винты

При подключении виндовс начнет его проверять и впадет в кому, пробуйте загрузится с диска acronis-а, и создать заново раздел. Недавно был похожий случай, при загрузке с винта выпадал в BSOD, а при подключении к другой машине винда впадала в кому даже при подключении через usb, загрузился с загрузочного диска lex 2010 (другие висли при загрузке даже тот же lex 2009, а acronis не смог определить sata контроллер) сделал erase при помощи hddscan, после этого подцепил через usb к рабочей машине и создал новый раздел.

Я частенько использую такой вот диск с набором программ для винта "Hiren's BootCD 10.0". раздел MBR, программа "MBR Work 1.07b" в ней пункт 4 "Reset MBR to zero" сбрасывает mbr полностью, после этого прогой Partition Magic разбиваю форматирую и тд.
Попробуйте, если нужен диск, то к примеру вот тут можно качнуть http://rapidshare.com/files/373020871/YUEHHBCD104.rar
Да и добавлю, стараюсь чтобы был только один винт в данный момент, мало ли что...

Проблема локализована при помощи Hiren's BootCD 11, диск содержит фирменный софт практически от всех производителей HD.